Artemis:old :: Fumi Web

解析環境を作ってみる

Mon, 19 Feb 2024 21:54:34 +0900

警告 This is an archived article. It preserves the previous documentation and may not match current environments. New documentation Artemisを使って色々試してみるため、簡易的な解析環境を構築する。ここでは筆者が用意したリポジトリを使用する。と入れ簡易的なのでGitHubクローン用のディレクトリに移動してクローンするだけでOKです。 cd $HOME/work/github git clone https://github.com/FumiHubCNS/artemis_training.git 解析環境はクローンした際に生成されるartemis_training内でに構築されています。正しくArtemisがインストールされていれば、上記のディレクトリ内でartemisを起動後に以下のコマンドが実行でき、真っ白なTCanvasが表示されるはずです。 zone メモ Artemisの公式GitHubにはRIKENのOEDOビームラインで使用している解析環境のテンプレートが公開されている。しかしOEDOビームラインようの解析環境では汎用TPC用読み出しシステム(GET)解析用のライブラリを使用しているため、ミニマムバージョンのArtemisではエラーが起こる。そのためこの記事では公式の解析環境サンプルを使用しない。

UbuntuにArtemisをインストール

Mon, 19 Feb 2024 21:26:49 +0900

警告 This is an archived article. It preserves the previous documentation and may not match current environments. New documentation UbuntuにArtemisを導入したので手順を書き残しておきます。まずインストールしたUbuntuのバージョンは以下の通りです。 PRETTY_NAME="Ubuntu 22.04.3 LTS" NAME="Ubuntu" VERSION_ID="22.04" VERSION="22.04.3 LTS (Jammy Jellyfish)" VERSION_CODENAME=jammy ID=ubuntu ID_LIKE=debian HOME_URL="https://www.ubuntu.com/" SUPPORT_URL="https://help.ubuntu.com/" BUG_REPORT_URL="https://bugs.launchpad.net/ubuntu/" PRIVACY_POLICY_URL="https://www.ubuntu.com/legal/terms-and-policies/privacy-policy" UBUNTU_CODENAME=jammy インストールの流れは以下の通りです。 GitHubからROOTをインストール apt installでyaml-cpp 0.7.0をインストール GitHubからArtemisをインストール今回の記事ではホームディレクトリ以下に作業用ディレクトリworkおよびGitHubのリポジトリをクローンするためのディレクトリgithubをそれぞれ作成してビルドしていきます。下準備まずはそれぞれののディレクトリを以下のコマンドで作成します。 mkdir work cd work mkdir github mkdir install cd github そしてgitを使えるようにしたり、makeできたりするようにする。

運動学曲線を描く

Sat, 09 Sep 2023 16:02:38 +0900

警告 This is an archived article. It preserves the previous documentation and may not match current environments. New documentation 実験に行う上で、測定したい反応や副次的に得られる反応の反跳粒子の運動エネルギー(TKE)や反跳角度、運動量移行といった量を計算することは多いと思います。しかし、特殊相対論での運動学の計算コードを毎回書いていくのは非常に面倒くさいですよね。（こういうところで時間を取られるのは辛いですね…）また、実験計画を立てる上でも上記のような量およびその相関を素早く確認できると嬉しいです。そこでここでは、反跳粒子の運動エネルギー(TKE)と反跳角度相関と運動量移行を計算するマクロを作成します。 Artemisの解析環境が正しく設定されていれば、後述するコードをコピペするだけで使えるはずです。得られる図は以下のような感じになります。反跳粒子相関運動量移行この図では核子あたり100 MeVまで加速した$^{86}\mathrm{Kr}$と標的の重陽子の非弾性散乱の運動学を描画しています。縦線は86Krの励起エネルギー、横線は重心系の角度を表しています。青線の場合は励起エネルギー(Ex)が10の倍数MeVの時の相関に、赤線の場合は重心系の角度が5の倍数度の時の相関に対応しています。左図の場合は一番右側の青線(TKEが25 MeVの時に80度付近の点を通る線)が弾性散乱(Ex=0)における相関です。そして、左隣の青線がExが10 MeVの線、その隣の青線が20 MeVの線…となっています。また赤線は一番下の線が重心系の角度が0度になっており、上に行くごとに5度ずつ上がっていきます。なので、例えば5 MeVの反跳粒子が実験室系で75度に散乱される場合、Ex=10 MeVの86Krができたことになります。一方で右図について一番左の青線が弾性散乱に対応しています。（原点を通っているのでそれはそうでしょうと思うかもしれませんが一応書いておきます）マクロの使い方何はともあれ、後述するソースコードをコピーしてマクロを作成します。

Use the same colors as matplotlib

Sat, 09 Sep 2023 14:50:34 +0900

警告 This is an archived article. It preserves the previous documentation and may not match current environments. New documentation I’ll try replicating Matplotlib’s color scheme in ROOT. You can set the colors using the code below. std::vector GetMatplotlibColors() { std::vector colors; colors.push_back( TColor::GetColor("#1F77B4") ); colors.push_back( TColor::GetColor("#FF7F0E") ); colors.push_back( TColor::GetColor("#2CA02C") ); colors.push_back( TColor::GetColor("#D62728") ); colors.push_back( TColor::GetColor("#9467BD") ); colors.push_back( TColor::GetColor("#8C564B") ); colors.push_back( TColor::GetColor("#E377C2") ); colors.push_back( TColor::GetColor("#7F7F7F") ); colors.push_back( TColor::GetColor("#BCBD22") ); colors.push_back( TColor::GetColor("#17BECF") ); return colors; } All that’s left to do is to read this function and pack it into vector. When using it, you can register it as needed with SetLineColor or SetMarkerColor.

AlmaLinuxにArtemisをインストール

Sun, 20 Aug 2023 04:24:57 +0900

警告 This is an archived article. It preserves the previous documentation and may not match current environments. New documentation AlmaLinuxにArtemisを導入したので手順を書き残しておきます。（備忘録なのでかなり適当）まずインストールしたAlmaLinuxのバージョンは以下の通りです。 LSB Version: :core-4.1-amd64:core-4.1-noarch Distributor ID: AlmaLinux Description: AlmaLinux release 8.8 (Sapphire Caracal) Release: 8.8 Codename: SapphireCaracal` 大まかな手順は以下の通りです。 yumでインストール可能なパッケージをインストール yaml-cpp 0.7.0をインストール artemisをインストール yumでパッケージをインストール sudo yum install root sudo yum install cmake sudo dnf install zlib-devel yaml-cpp 0.7.0のインストール yum installでもyaml-cppをインストールは可能なのですが、バージョン0.7.0に対応していないので直接入れる必要があります。ここではGitHubを使用します。リンクはここ。

NixOSにArtemisをインストール

Sat, 19 Aug 2023 15:02:09 +0900

警告 This is an archived article. It preserves the previous documentation and may not match current environments. New documentation NixOSにArtemisを導入したので手順を書き残しておきます。（備忘録なのでかなり適当）インストールするArtemisはdevelopブランチです。 NixOS自身の環境整備方法については割愛します。大まかな手順は以下の通りです。 home.nixの設定 flake.nixの設定設定を反映 artemisをインストール root/artemisの環境設定 home.nixの設定ユーザー環境向けの環境構築ツールhome-managerにてartemisに必要なあれこれをインストールします。 ~/.config/home-maneger/home.nix内のhome.packages以下に必要なパッケージを入れます。 # The home.packages option allows you to install Nix packages into your # environment. home.packages = [ # # Adds the 'hello' command to your environment. It prints a friendly # # "Hello, world!" when run. # pkgs.hello # # It is sometimes useful to fine-tune packages, for example, by applying # # overrides. You can do that directly here, just don't forget the # # parentheses. Maybe you want to install Nerd Fonts with a limited number of # # fonts? # (pkgs.nerdfonts.override { fonts = [ "FantasqueSansMono" ]; }) # # You can also create simple shell scripts directly inside your # # configuration. For example, this adds a command 'my-hello' to your # # environment: # (pkgs.writeShellScriptBin "my-hello" '' # echo "Hello, ${config.home.username}!" # '') pkgs.git pkgs.tmux pkgs.root pkgs.yaml-cpp pkgs.cmake pkgs.zlib ]; flake.nixの設定 rootやC++などを導入したシェルを立ち上げるための設定をflake.nixに書きます。

ヒストグラムファイルを作成する

Sun, 06 Aug 2023 18:47:27 +0900

警告 This is an archived article. It preserves the previous documentation and may not match current environments. New documentation tree->Draw()はいろいろな相関を見れる良い方法ですが、決まった相関を複数確認したい時（シフト業務など）には向いていません。そこでここではTTreeProjectionProcessorを使ってあらかじめヒストグラムを定義しておく方法を紹介します。この手法の良いとして以下のようなものが挙げられます。複数の相関を短時間で確認できること解析中に逐次相関を確認できること操作が簡単のでシフト業務などに有用さて、TTreeProjectionProcessorの使い方ですが、別のyamlファイルにてヒストグラムのい定義をする必要があります。ここでは、二体反応のシミュレーションを使います。まず、以下のようにヒストグラムを定義していきます。ここではhist.yamlという名前にしておきます。 alias: ScatThetaCM: mctruth[2].Theta()*TMath::RadToDeg() scatEx: mctruth[2].fE-mctruth[2].TKE()-mctruth[0].M() recoilTKE: recoil.TKE() recoilThetaLab: recoil.Theta()*TMath::RadToDeg() pmag: TMath::Sqrt( recoil.Px()*recoil.Px() + recoil.Py()*recoil.Py() + recoil.Pz()*recoil.Pz() ) qprojxy: TMath::Sqrt(pmag*pmag-recoil.Pz()*recoil.Pz())/197 qz: recoil.Pz()/197 group: - name: monte_carlo_simulation title: Monte-Carlo Simulation ( Two Body Reaction) contents: - name: sact_theta title: Angular Distribution (CM System) x: ["ScatThetaCM", 200, 0.0, 15.0] - name: ex title: Excitation Energy Distribution x: ["scatEx", 200, 0., 30.] - name: momentum_transfer title: q_{xy} vs q_{z} (Momentum Transfer) x: ["qz", 200, -0.05, 1.95] y: ["qprojxy", 200,-0.05, 1.95] - name: kinematics title: TKE vs Theta_{Lab} (Kinematics) x: ["recoilThetaLab", 200, 0, 90] y: ["recoilTKE", 200, 0, 15] ヒント group:でヒストグラムのグループを定義し、contents:以降の- name:にてヒストグラムを定義します。一次元ならx:のみ、二次元ならx:、y:をマッピングします。リストの中身は[描画したいデータ、Bin数、最小値、最大値]です。そのほかにもゲートをかける(cut:)や次元の違う配列の比較を行う(async:)などのオプションがあります。

2体反応シミュレーション

Sun, 06 Aug 2023 15:29:00 +0900

警告 This is an archived article. It preserves the previous documentation and may not match current environments. New documentation Steering fileを自分で書いてみて実際にArtemisを動かしてみようPart2。今回は2体反応のシミュレーションを行います。以下のような条件を想定しています。実験室系で考えると、ビーム粒子Particle1と静止している反応標的Particle2が、散乱粒子Particle3と反跳粒子Paricle4となる反応です。以下のようなyamlファイルを作成します。 Anchor: - &maxevt 100000 - &output output/sim/reaction_tree.root Processor: - name: timer type: art::TTimerProcessor ################################################################################################## - name: MyTProcessor type: art::TBinaryReactionGenerator parameter: AngDistFile: "" # [TString] file name of the angular distribution. The format of content is '%f %f'. AngMom: 0 # [Int_t] angular momentum for bessel function. If -1 (default), the isotopic distribution is assumed. AngRange: [0, 15] # [FloatVec_t] the range of angular distribution DoRandomizePhi: 1 # [Int_t] Flag to randomize phi direction (uniform) ExMean: 15 # [Float_t] mean of excitation energy ExRange: [0, 30] # [FloatVec_t] the range of excitation energy ExWidth: 7 # [Float_t] width of excitation energy : default is delta function KinMean: 100 # [Float_t] mean kinetic energy per nucleon MCTruthCollection: mctruth # [TString] output name of MC truth MaxLoop: *maxevt # [Int_t] the maximum number of loop OutputCollection: recoil # [TString] output name of particle array OutputTransparency: 0 # [Bool_t] Output is persistent if false (default) Particle1: [86, 36] # [IntVec_t] mass and atomic number for particle1 Particle2: [2, 1] # [IntVec_t] mass and atomic number for particle2 Particle3: [86, 36] # [IntVec_t] mass and atomic number for particle3 RunName: sim # [TString] run name RunNumber: 0 # [Int_t] run number Verbose: 1 # [Int_t] verbose level (default 1 : non quiet) ################################################################################################## - name: MyTOutputTreeProcessor type: art::TOutputTreeProcessor parameter: FileName: *output # [TString] The name of output file OutputTransparency: 0 # [Bool_t] Output is persistent if false (default) SplitLevel: 0 # [Int_t] Split level of tree defined in TTree (default is changed to be 0) TreeName: tree # [TString] The name of output tree Verbose: 1 # [Int_t] verbose level (default 1 : non quiet) ################################################################################################## ヒント art::TBinaryReactionGeneratorのパラメータのいくつか変更するだけで好きな反応計算を行うことができます。

モンテカルロ積分(N次元球体積)

Fri, 04 Aug 2023 01:44:35 +0900

警告 This is an archived article. It preserves the previous documentation and may not match current environments. New documentation Steering fileを自分で書いてみて実際にArtemisを動かしてみよう。ここを参考に、4次元球までの体積をモンテカルロ積分で計算してみます。 Artemisで疑似乱数を生成する場合はTRandomNumberEventStoreを使えば良いです。まずは以下のようなyamlファイルを作成します。ここてはファイル名をhoge.yamlとしてきます。 Anchor: - &maxevt 1000000 - &output output/sim/random_tree.root Processor: - name: timer type: art::TTimerProcessor ################################################################################################## - name: MyTRandomNumberEventStore type: art::TRandomNumberEventStore parameter: Max: 1 # [Float_t] the maximum value MaxLoop: *maxevt # [Int_t] the maximum number of loop Min: 0 # [Float_t] the minimum value OutputCollection: dim1 # [TString] output name of random values OutputTransparency: 0 # [Bool_t] Output is persistent if false (default) Verbose: 1 # [Int_t] verbose level (default 1 : non quiet) ################################################################################################## - name: MyTRandomNumberEventStore type: art::TRandomNumberEventStore parameter: Max: 1 # [Float_t] the maximum value MaxLoop: *maxevt # [Int_t] the maximum number of loop Min: 0 # [Float_t] the minimum value OutputCollection: dim2 # [TString] output name of random values OutputTransparency: 0 # [Bool_t] Output is persistent if false (default) Verbose: 1 # [Int_t] verbose level (default 1 : non quiet) ################################################################################################## - name: MyTRandomNumberEventStore type: art::TRandomNumberEventStore parameter: Max: 1 # [Float_t] the maximum value MaxLoop: *maxevt # [Int_t] the maximum number of loop Min: 0 # [Float_t] the minimum value OutputCollection: dim3 # [TString] output name of random values OutputTransparency: 0 # [Bool_t] Output is persistent if false (default) Verbose: 1 # [Int_t] verbose level (default 1 : non quiet) ################################################################################################## - name: MyTRandomNumberEventStore type: art::TRandomNumberEventStore parameter: Max: 1 # [Float_t] the maximum value MaxLoop: *maxevt # [Int_t] the maximum number of loop Min: 0 # [Float_t] the minimum value OutputCollection: dim4 # [TString] output name of random values OutputTransparency: 0 # [Bool_t] Output is persistent if false (default) Verbose: 1 # [Int_t] verbose level (default 1 : non quiet) ################################################################################################## - name: MyTOutputTreeProcessor type: art::TOutputTreeProcessor parameter: FileName: *output # [TString] The name of output file OutputTransparency: 0 # [Bool_t] Output is persistent if false (default) SplitLevel: 0 # [Int_t] Split level of tree defined in TTree (default is changed to be 0) TreeName: tree # [TString] The name of output tree Verbose: 1 # [Int_t] verbose level (default 1 : non quiet) ################################################################################################## 次にartemisを起動します。

saveで保存したrootファイルからヒストグラムのオブジェクトを取得する

Sun, 30 Jul 2023 00:35:35 +0900

警告 This is an archived article. It preserves the previous documentation and may not match current environments. New documentation artemisにてsaveコマンドを実行すると"unixtime".png、“unixtime”.pdf、“unixtime”.rootファイルが保存されます。学会発表などで、数年前にsaveした図を使いたいが、判例や罫線が邪魔、ラベルなどの名前を変えたいということがあると思います。どのrootファイルから作成したのかわかっていればDrawしなおせば済むのですが、探すのが面倒だったり、覚えていないなどということがよくあります。そこでこの記事ではsaveで保存したrootファイルからヒストグラムのオブジェクトを抜き出す方法を書いておきます。とはいえ、TCanvasをrootファイルで保存しているだけなので結構簡単です。まずがrootファイルを開きます。 → a figs/"date"/"unixtime".root Attaching file figs/"date"/"unixtime".root as _file0... (TFile *) 0x5bb5ea0 artemis [1] .ls TFile** figs/"date"/"unixtime".root TFile* figs/"date"/"unixtime".root KEY: TCanvas artcanvas;1 canvas 次にTSeqCollectionからTFileのリスト、TFile、TCanvas`を順に取得します。 TSeqCollection* filelist = gROOT->GetListOfFiles(); TFile* tfi = (TFile*)filelist->At(0); TCanvas* acan = (TCanvas *) tfi->Get("artcanvas;1"); このようにして取得したTCanvasの中身は以下の通りです。

オンライン解析用チュートリアル

Sun, 09 Jul 2023 23:43:09 +0900

警告 This is an archived article. It preserves the previous documentation and may not match current environments. New documentation artemisを使ってオンライン解析などをする際に必要な設定などをまとめておきます。この記事ではartemisを使ったことのないユーザーに向けて、ひとまず解析できるようになり、各検出器で取得したデータの相関を確認できるようになるまでを目標にします。解析用ディレクトリの整備・拡張方法や解析用のyamlファイルの作り方はおいておきます。 SSHクライアント用の設定ファイルの設定 artemisではVNCを使って解析サーバーのデスクトップ画面を表示させています。毎回sshのコマンドを打ち込んでも良いのですが、一番手っ取り早いのは.ssh/configに以下を追加することです。 host analysis_server hostname analysis_server_name user username LocalForward 15901 analysis_server_name:5901 analysis_server_nameに解析サーバーの名前またはIPアドレスを書き、使用する解析環境が入っているユーザー名をusernameに書きます。（実験課題番号がユーザー名になっていることは多い気がします。）また5091と15901も意味がある数字です。前者は解析サーバーに立てるVNCサーバーのポート番号です。後述しますがVNCサーバーの番号+5900の値を記入する必要があります。後者は自分のPC側のポート番号です。 VNC viewerなどで画面を映す時に使います。メモ自分のPCから直接解析サーバーにアクセスできる場合は上記の記述だけで問題ないのですが、そうでない場合もよくあるような気がします。その場合はログインサーバーなどを経由した多段sshをする必要があります。その場合は以下のように書きます。

Useful commands

Sun, 09 Jul 2023 22:55:38 +0900

警告 This is an archived article. It preserves the previous documentation and may not match current environments. New documentation Artemis has several available commands. You need to register the commands in artemislogon.C. Below is a list of commands that the author frequently uses. help : Type this when you forget a command. add : A command to read a yaml file. res : A command to start an analysis using the loaded yaml file. fls : Outputs a list of the loaded TFiles. fcd : Specifies the number for a TFile. proc : Outputs the parameter list required for the processor. zone : Creates the standard TCanvas (artcanvas) in Artemis. gcom : Sets global comment on artcanvas (doesn’t disappear even if you execute ‘zone’). comment : Sets comment on artcanvas (disappears when you execute ‘zone’). save : A command to save the artcanvas in .root, .pdf, and .png formats. lgz : Sets the z-axis to a logarithmic scale. lgx and lgy are also available. lnz : Sets the z-axis to linear. lgx and lgy are also available. ht : Draws the histogram by specifying its number. hn : Draws the histogram of the next number. hp : Draws the histogram of the previous number. slo : Uses GUI to draw a straight line on artcanvas. avx : Slices TH2 for each X bin and fits it with a Gaussian.

Re-analyze root file created by artemis

Sun, 09 Jul 2023 17:16:29 +0900

警告 This is an archived article. It preserves the previous documentation and may not match current environments. New documentation A note on the method of running another processor with a root file (for example, hoge.root) created using artemis as input. Even so, the method is simple, you just use art::TTreeEventStore. For example, to re-analyze a root file with a TTree named tree, you should create a yaml file as following code.