差分

このページの2つのバージョン間の差分を表示します。

この比較画面へのリンク

両方とも前のリビジョン前のリビジョン
次のリビジョン
前のリビジョン
research:memos:kshell [2022/08/10 01:50] – [Calculation time] kobayashresearch:memos:kshell [2022/08/18 19:17] (現在) – [Calculation time] kobayash
行 6: 行 6:
   * KSHELL official page: https://sites.google.com/alumni.tsukuba.ac.jp/kshell-nuclear/   * KSHELL official page: https://sites.google.com/alumni.tsukuba.ac.jp/kshell-nuclear/
  
-==== Installation ====+==== Installation on saho-a/saho-b at RCNP ====
 The latest version is ver3.1 on Jul. 29, 2022. You can download kshell-20220610-ver3.1.tar.gz from Shimizu-san's web page. (Shimizu-san's Google drive: https://drive.google.com/file/d/1kTFX3ctUY9mNbmHRYbKF6Y7ktR2c4d5k/view?usp=sharing.) The latest version is ver3.1 on Jul. 29, 2022. You can download kshell-20220610-ver3.1.tar.gz from Shimizu-san's web page. (Shimizu-san's Google drive: https://drive.google.com/file/d/1kTFX3ctUY9mNbmHRYbKF6Y7ktR2c4d5k/view?usp=sharing.)
-After downloading the file, place it in any directory. In my caseI made a directory named "kshell" and placed the tar.gz file in the directory.+After downloading the file, place it in any directory. For exampleyou can make a directory named "kshell" in a directory "/home/username/local"and placed the tar.gz file in the directory.
 <code> <code>
 +$ mkdir /home/username/local
 +$ cd /home/username/local
 $ mkdir kshell $ mkdir kshell
-$ cp <somewhere>/kshell-20220610-ver3.1.tar.gz ./kshell/ 
 $ cd kshell $ cd kshell
 +$ mv <somewhere>/kshell-20220610-ver3.1.tar.gz ./
 $ tar zxvf kshell-20220610-ver3.1.tar.gz $ tar zxvf kshell-20220610-ver3.1.tar.gz
 $ ls $ ls
行 18: 行 20:
 $ cd kshell-20220610-ver3.1 $ cd kshell-20220610-ver3.1
 $ ls $ ls
-...+bin  doc  snt  src  test
 </code> </code>
-Then, compile the code in the directory "src". On saho-a/saho-b at RCNP, the static libraries of GCC is not loaded by default. So, the +Then, compile the code in the directory "src". On saho-a/saho-b, GCC FORTRAN compiler "gfortran" and Intel FORTRAN compiler "ifort" are available. In addition, probably IntelMPI is also available by using the Intel OpeAPI suite? The static libraries of GCC is not loaded by default, while you can find them in "/saho/sharedAPL/local/lib64/glibc-static_2.28-127". This static libraries are not used in the following. 
 +=== gfortran === 
 +The compiler gfortran is available on saho-a/saho-b by default. The "Makefile" should be modified as follows. 
 +<code> 
 +$ cd /home/username/local/kshell-20220610-ver3.1/src 
 +$ emacs Makefile
  
-==== Calculation time ==== +# --- Intel Fortran compiler, single node                                                                                     
-Some parameters were changed in the input file in order to see the total calculation time.+FC ifort 
 +FFLAGS -O2 -qopenmp -no-ipo 
 +# FFLAGS  -fast -qopenmp                                                                                                    
 +# FFLAGS  -fast -qopenmp -no-ipo -check bounds -check pointers -check uninit -traceback                                     
 +# FFLAGS  -g -check all -warn -traceback -debug all -p -no-ipo -qopenmp                                                     
 +# FFLAGS  -g -check all -warn -traceback -debug all -p -no-ipo                                                              
 +# FFLAGS  -g -check all -traceback -debug all -p -no-ipo                                                                    
 +LIBS = -qmkl # Intel Math Kernel Library for BLAS/LAPACK routines                                                            
  
-^ Compiler ^ No. of CPU (ncpus) ^ OMP_NUM_THREADS ^ max_lanc_vec ^ maxiter ^ no_eigen ^ n_restart_vec ^ CPU time  ^ all time   ^ resources_used. mem ^ resources_used. vmem ^ 
-| gfortran | 1                  | 1               | 200          | 300     | 10       | 15            | 106:18:50 | 109:54:44  | 4559280kb           | 5087876kb           | 
-| gfortran | 2                  | 2               | 200          | 300     | 10       | 15            | 105:11:48 | 58:23:52   | 4562080kb           | 5197584kb           | 
-| gfortran | 3                  | 3               | 200          | 300     | 10       | 15            | 107:59:03 | 43:39:25   | 4563568kb           | 5311472kb           | 
-| gfortran | 4                  | 4               | 200          | 300     | 10       | 15            | 104:32:44 | 34:37:57   | 4566580kb           | 5426688kb           | 
-| gfortran | 6                  | 6               | 200          | 300     | 10       | 15            | 107:48:40 | 26:28:26   | 4568456kb           | 5660460kb           | 
-| gfortran | 8                  | 8               | 200          | 300     | 10       | 15            | 105:30:33 | 21:41:34   | 2518496kb           | 3742272kb           | 
-| gfortran | 12                 | 12              | 200          | 300     | 10       | 15            | 111:05:49 | 18:25:44   | 2549280kb           | 4189696kb           | 
-| gfortran | 16                 | 16              | 200          | 300     | 10       | 15            | 109:26:15 | 15:21:40   | 4569464kb           | 6828484kb           | 
-| gfortran | 20                 | 20              | 200          | 300     | 10       | 15            | 116:53:55 | 14:47:23   | 2617500kb           | 5103480kb           | 
-| gfortran | 24                 | 24              | 200          | 300     | 10       | 15            | 119:20:22 | 14:21:31   | 2649760kb           | 5561184kb           | 
-| gfortran | 28                 | 28              | 200          | 300     | 10       | 15            | 120:51:06 | 13:50:43   | 2682196kb           | 6019036kb           | 
-| gfortran | 32                 | 32              | 200          | 300     | 10       | 15            | 111:49:18 | 11:53:40   | 4576456kb           | 8634292kb           | 
-| gfortran | 32                 | 32              | 1000         | 300     | 10       | 15            | 136:16:03 | 24:14:06   | 2723820kb           | 6488536kb           | 
-| gfortran | 32                 | 32              | 200          | 300     | 1        | 15            |  42:42:44 | 04:00:18    770872kb           | 4532180kb           | 
-| gfortran | 32                 | 32              | 20           | 300     | 10       | 15            | 228:50:48 | 18:35:44   | 2714784kb           | 6476044kb           | 
-| gfortran | 32                 | 32              | 200          | 300     | 30       | 15            | 319:53:55 | 42:24:09   | 7021932kb           | 10790156kb          | 
-| gfortran | 32                 | 32              | 200          | 300     | 30       | 45            | 367:19:59 | 53:26:29   | 7021884kb           | 10790320kb          | 
-| gfortran | 32                 | 32              | 200          | 300     | 30       | 45            | 367:19:59 | 53:26:29   | 7021884kb           | 10790320kb          | 
-| gfortran | 32                 | 32              | 200          | 300     | 3        | 15            |  70:18:08 | 07:01:26   | 1208800kb           | 4969984kb           | 
-| gfortran | 32                 | 32              | 200          | 300     | 10       | 45            | 114:26:30 | 15:12:58   | 2715612kb           | 6476788kb           | 
-| gfortran | 32                 | 32              | 50           | 300     | 10       | 15            | 108:17:08 | 06:55:16   | 2715344kb           | 6476064kb           | 
  
 +# --- GNU Fortran compiler, single node                                                                                      
 +# FC = gfortran                                                                                                              
 +# FFLAGS = -O3 -fopenmp -fallow-argument-mismatch                                                                            
 +# LIBS = -llapack -lblas -lm
  
  
 +  |  |  |  |  |  |  |
 +  V  V  V  V  V  V  V 
  
  
 +# --- Intel Fortran compiler, single node                                                                                    
 +FC = ifort
 +FFLAGS = -O2 -qopenmp -no-ipo
 +# FFLAGS =  -fast -qopenmp                                                                                                   
 +# FFLAGS =  -fast -qopenmp -no-ipo -check bounds -check pointers -check uninit -traceback                                    
 +# FFLAGS =  -g -check all -warn -traceback -debug all -p -no-ipo -qopenmp                                                    
 +# FFLAGS =  -g -check all -warn -traceback -debug all -p -no-ipo                                                             
 +# FFLAGS =  -g -check all -traceback -debug all -p -no-ipo                                                                   
 +LIBS = -qmkl # Intel Math Kernel Library for BLAS/LAPACK routines                                                            
  
  
 +# --- GNU Fortran compiler, single node                                                                                      
 +# FC = gfortran                                                                                                              
 +# FFLAGS = -O3 -fopenmp -fallow-argument-mismatch                                                                            
 +# LIBS = -llapack -lblas -lm
 +</code>
  
 +==== Calculation time ====
 +Some parameters were changed in the input file in order to see the total calculation time.
  
 +^ Compiler ^ No. of CPU (ncpus) ^ OMP_NUM_THREADS \\ / mpiprocs ^ max_lanc_vec ^ maxiter ^ no_eigen ^ n_restart_vec ^ CPU time  ^ all time   ^ resources_used. mem ^ resources_used. vmem ^
 +| gfortran 8.3.1   | 1                  | 1 / -           | 200          | 300     | 10       | 15            | 106:18:50 | 109:54:44  | 4559280kb           | 5087876kb           |
 +| gfortran 8.3.1   | 2                  | 2 / -           | 200          | 300     | 10       | 15            | 105:11:48 | 58:23:52   | 4562080kb           | 5197584kb           |
 +| gfortran 8.3.1   | 3                  | 3 / -           | 200          | 300     | 10       | 15            | 107:59:03 | 43:39:25   | 4563568kb           | 5311472kb           |
 +| gfortran 8.3.1   | 4                  | 4 / -           | 200          | 300     | 10       | 15            | 104:32:44 | 34:37:57   | 4566580kb           | 5426688kb           |
 +| gfortran 8.3.1   | 6                  | 6 / -           | 200          | 300     | 10       | 15            | 107:48:40 | 26:28:26   | 4568456kb           | 5660460kb           |
 +| gfortran 8.3.1   | 8                  | 8 / -           | 200          | 300     | 10       | 15            | 105:30:33 | 21:41:34   | 2518496kb           | 3742272kb           |
 +| gfortran 8.3.1   | 12                 | 12 / -          | 200          | 300     | 10       | 15            | 111:05:49 | 18:25:44   | 2549280kb           | 4189696kb           |
 +| gfortran 8.3.1   | 16                 | 16 / -          | 200          | 300     | 10       | 15            | 109:26:15 | 15:21:40   | 4569464kb           | 6828484kb           |
 +| gfortran 8.3.1   | 20                 | 20 / -          | 200          | 300     | 10       | 15            | 116:53:55 | 14:47:23   | 2617500kb           | 5103480kb           |
 +| gfortran 8.3.1   | 24                 | 24 / -          | 200          | 300     | 10       | 15            | 119:20:22 | 14:21:31   | 2649760kb           | 5561184kb           |
 +| gfortran 8.3.1   | 28                 | 28 / -          | 200          | 300     | 10       | 15            | 120:51:06 | 13:50:43   | 2682196kb           | 6019036kb           |
 +| gfortran 8.3.1   | 32                 | 32 / -          | 200          | 300     | 10       | 15            | 111:49:18 | 11:53:40   | 4576456kb           | 8634292kb           |
 +| gfortran 8.3.1   | 32                 | 32 / -          | 200          | 300     | 1        | 15            | 42:42:44  | 04:00:18   | 770872kb            | 4532180kb           |
 +| gfortran 8.3.1   | 32                 | 32 / -          | 200          | 300     | 3        | 15            | 70:18:08  | 07:01:26   | 1208800kb           | 4969984kb           |
 +| gfortran 8.3.1   | 32                 | 32 / -          | 200          | 300     | 5        | 15            | 95:55:14  | 10:31:05   | 1639344kb           | 5400508kb           |
 +| gfortran 8.3.1   | 32                 | 32 / -          | 200          | 300     | 8        | 15            | 107:05:38 | 11:34:49   | 2284888kb           | 6046028kb           |
 +| gfortran 8.3.1   | 32                 | 32 / -          | 200          | 300     | 30       | 15            | 319:53:55 | 42:24:09   | 7021932kb           | 10790156kb          |
 +| gfortran 8.3.1   | 32                 | 32 / -          | 20           | 300     | 10       | 15            | 228:50:48 | 18:35:44   | 2714784kb           | 6476044kb           |
 +| gfortran 8.3.1   | 32                 | 32 / -          | 50           | 300     | 10       | 15            | 108:17:08 | 06:55:16   | 2715344kb           | 6476064kb           |
 +| gfortran 8.3.1   | 32                 | 32 / -          | 1000         | 300     | 10       | 15            | 136:16:03 | 24:14:06   | 2723820kb           | 6488536kb           |
 +| gfortran 8.3.1   | 32                 | 32 / -          | 200          | 300     | 10       | 45            | 114:26:30 | 15:12:58   | 2715612kb           | 6476788kb           |
 +| gfortran 8.3.1   | 32                 | 32 / -          | 200          | 300     | 30       | 45            | 367:19:59 | 53:26:29   | 7021884kb           | 10790320kb          |
 +| ifort 19.1.1.217 | 1                  | 1 / -           | 200          | 300     | 10       | 15            | 105:46:30 | 110:11:03  | 4588208kb           | 5504648kb           |
 +| ifort 19.1.1.217 | 4                  | 4 / -           | 200          | 300     | 10       | 15            | 111:09:32 | 31:06:25   | 4597672kb           | 5867068kb           |
 +| ifort 19.1.1.217 | 8                  | 8 / -           | 200          | 300     | 10       | 15            | 119:05:04 | 17:37:34   | 4616160kb           | 6351488kb           |
 +| ifort 19.1.1.217 | 16                 | 16 / -          | 200          | 300     | 10       | 15            | 141:59:37 | 12:06:36   | 2665140kb           | 5167292kb           |
 +| ifort 19.1.1.217 | 32                 | 32 / -          | 200          | 300     | 10       | 15            | 111:25:08 | 08:00:50   | 2819644kb           | 7090488kb           |
 +| ifort 19.1.1.217 | 32                 | 32 / -          | 200          | 300     | 1        | 15            | 43:04:00  | 02:43:44   | 814240kb            | 4968648kb           |
 +| ifort 19.1.1.217 | 32                 | 32 / -          | 200          | 300     | 3        | 15            | 75:03:20  | 04:36:27   | 1281132kb           | 5427484kb           |
 +| ifort 19.1.1.217 | 32                 | 32 / -          | 200          | 300     | 5        | 15            | 150:51:00 | 06:53:25   | 1740148kb           | 5933344kb           |
 +| ifort 19.1.1.217 | 32                 | 32 / -          | 200          | 300     | 8        | 15            | 106:26:25 | 07:41:32   | 3762832kb           | 8339312kb           |
 +| ifort 2021.3.0   | 1                  | 1  / -          | 200          | 300     | 10       | 15            |  |    |            |            |
 +| ifort 2021.3.0   | 2                  | 2  / -          | 200          | 300     | 10       | 15            |  |    |            |            |
 +| ifort 2021.3.0   | 4                  | 4  / -          | 200          | 300     | 10       | 15            | 115:28:12 | 33:32:46   | 4598292kb           | 5896924kb           |
 +| ifort 2021.3.0   | 8                  | 8  / -          | 200          | 300     | 10       | 15            | 121:55:58 | 19:13:41   | 2586872kb           | 4253508kb           |
 +| ifort 2021.3.0   | 16                 | 16 / -          | 200          | 300     | 10       | 15            | 114:08:45 | 11:32:07   | 2665732kb           | 5204036kb           |
 +| ifort 2021.3.0   | 32                 | 32 / -          | 200          | 300     | 10       | 15            | 120:58:18 | 08:03:25   | 2823212kb           | 7110872kb           |
 +| mpiifort 2021.3  | 1                  | - / 1           | 200          | 300     | 10       | 15            | 102:41:36 | 102:53:51  | 43385256kb          | 49330324kb          |
 +| mpiifort 2021.3  | 2                  | - / 2           | 200          | 300     | 10       | 15            | 114:24:06 | 57:18:47   | 44108964kb          | 53552948kb          |
 +| mpiifort 2021.3  | 4                  | - / 4           | 200          | 300     | 10       | 15            | 111:55:41 | 28:02:06   | 45277532kb          | 59690240kb          |
 +| mpiifort 2021.3  | 8                  | - / 8           | 200          | 300     | 10       | 15            | 127:49:12 | 16:01:23   | 46715756kb          | 77471268kb          |
 +| mpiifort 2021.3  | 12                 | - / 12          | 200          | 300     | 10       | 15            | 151:27:13 | 12:39:38   | 47933548kb          | 98675384kb          |
 +| mpiifort 2021.3  | 16                 | - / 16          | 200          | 300     | 10       | 15            | 180:11:14 | 11:18:07   | 51161032kb          | 144395756kb         |
 +| mpiifort 2021.3  | 32                 | - / 32          | 200          | 300     | 10       | 15            | 451:06:20 | 14:09:07   | 60667004kb          | 318533076kb         |
 +| mpif90 2021.3    | 1                  | - / 1           | 200          | 300     | 10       | 15            |  |    |                    |
 +| mpif90 2021.3    | 2                  | - / 2           | 200          | 300     | 10       | 15            | 103:37:45 | 51:56:17   | 43519744kb          | 50221124kb          |
 +| mpif90 2021.3    | 4                  | - / 4           | 200          | 300     | 10       | 15            | 99:31:01  | 24:56:29   | 44199240kb          | 55743452kb          |
 +| mpif90 2021.3    | 8                  | - / 8           | 200          | 300     | 10       | 15            | 102:57:47 | 12:53:47   | 45345504kb          | 72345340kb          |
 +| mpif90 2021.3    | 12                 | - / 12          | 200          | 300     | 10       | 15            | 103:45:48 | 08:40:04   | 46540684kb          | 93537604kb          |
 +| mpif90 2021.3    | 16                 | - / 16          | 200          | 300     | 10       | 15            | 103:49:29 | 06:30:27   | 48214256kb          | 119639748kb         |
 +| mpif90 2021.3    | 32                 | - / 32          | 200          | 300     | 10       | 15            | 136:52:34 | 04:17:50   | 57266368kb          | 304103868kb         |
  
research/memos/kshell.1660063825.txt.gz · 最終更新: 2022/08/10 01:50 by kobayash
CC Attribution-Share Alike 4.0 International
Driven by DokuWiki Recent changes RSS feed Valid CSS Valid XHTML 1.0