\usepackage{cite}
\makeatletter
\renewcommand{\@cite}[1]{\textsuperscript{#1}}
\makeatother
特に何も設定していないciteに対しては上付きで表記されます。\cite{ref1}
%
\begingroup
\makeatletter
\renewcommand{\@cite}[1]{#1}
\makeatother
この内容は参考文献\cite{ref2}から得られた情報です。
上付きにしない範囲を begingroup と endgroup で囲んでrenewcommandで再定義します。
\endgroup